5. 持續優化的單顆細胞基因組分析流程 – 漫談單細胞全基因組定序分析

除了根據樣品種類挑選適合的 WGA 試劑外，也需考慮該試劑擴增後的 DNA 產物適用在哪些種類的分子分析。有鑑於 Ampli1^™ WGA kit 優化過的 WGA 過程，其產物適合接續任何類型的分子分析，包含：

• Sanger sequencing
• short tandem repeat (STR analysis)
• NGS library preparation for cancer panels, exome sequencing
• low-pass genome and whole genome sequencing

Ampli^™ 試劑可優化整體單顆細胞基因組分析工作流程，以獲得良好分子分析結果

Ampli1^™ QC kit

因 Ampli1^™ WGA kit 使用限制酶將 genome 形成 DNA 片段，而部份位點較難被限制酶成功切開，因此相對於其他 DNA 片段較難放大，依據此原理，Ampli1^™ QC kit 能藉由特別設計的引子辨識這些片段，若較難放大的 DNA 片段都有成功代表較容易放大的片段理論上也都有成功，因此能藉由簡單的 PCR 實驗反應於分子分析前鑑定 WGA 產物品質，挑選符合需求的樣本進行各式分子分析。

Ampli1^™ ReAmp/ds kit

可分成兩部份優化 Ampli1™ WGA 產物，其一，以 Ampli1™ ReAmp/ds kit 經一次 PCR 反應，將單股 DNA 分子皆補全成雙股，更進一步提升後續 NGS 偵測的全面性；其二，以 Ampli1™ ReAmp/ds kit 可使用 1 μl Ampli1™ WG

Ampli1^™ LowPass kit

若預計要進行 Low-pass genome sequencing，有鑒於 Ampli1^™ WGA kit 優良的 DNA 片段化與 PCR 擴增過程，使得 Ampli1^™ LowPass kit 可經由 Ampli1 WGA 產物縮短原本繁複的建庫過程，以帶有 barcode 序列的引子配合簡單的 PCR 過程，讓使用者清楚明白每段 DNA 片段來自哪個樣品，可於一次定序中同時測定最多 96 個樣本，相比起原本的標準流程，可節省使用者一半以上的成本花費。