WGA 產物可進行多樣化的分子分析,依據分析方式需求的基因體倍數,大致分成兩部份

第一部分:單倍體基因體學

  • Single nucleotide polymorphisms (SNPs)
  • Copy Number Variation (CNVs)

第二部分:雙倍體基因體學

  • Homozygous SNPs and insertions/deletions (INDELs)
  • Heterozygous SNPs and INDELs
  • Copy Number Variation (CNVs)
  • Loss of heterozygosity (LOH)

於單倍體基因體學,唯一可能導致分析錯誤的來源為 WGA 的 DNA 聚合酶保真度與擴增產物的代表性。

於雙倍體基因體學,除偵測各股 DNA 本身外,還需與另一股 DNA 對照,因此挑選的 WGA 方法除了需具備高保真度 DNA 聚合酶、擴增產物代表性外,還需能確實依比例平均放大 alleles。

為了於單顆雙倍體細胞,例如人類細胞,所做的基因體分析正確性,需要確保所選擇的 WGA 方法對於一對 alleles 中的某個無偏好性,否則擴增產物將無法正確反應細胞真實的 alleles 情況。

若 alleles 受到不平均放大,將會導致 Allelic dropout (ADO) 產生,因 ADO 會導致 alleles 層級的定序錯誤,因此 ADO 對定序結果正確度的影響遠大於 DNA 聚合酶保真度。

相比起其他 WGA 方法,Ampli1 WGA kit 為優化其處理單顆細胞的能力,使用對人類細胞特別設計的限制酶處理 genome,配上高校對能力聚合酶 (error rate <10 -5) 與高重複性、控制性放大過程,使單顆細胞的 WGA 產物 ADO rate 降至最低

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%ADO Measured
Papers WGA20142015201620172016

(5)

Binder V et al

(9)

Huang L et al

(3)

Babayan A et al

(10)

Borgström E et al

(4)

Normand E et al

WGSWGSWESWESSTR
Ampli 12% 9%7-9%6%
PicoPlex  24%65-98%49%
MALBAC 21-28% 18-47% 
GenomePlex 76%  69%
Repli-G 33-38%100%93-95% 

從歷年多篇論文比較可看出,相較於其他 WGA 方法,Ampli1™ WGA Kit 於 ADO 部份具有最佳表現

DEPArray NxT
單細胞分離篩選系統

隨著 DEPArray™ 技術的發展,基因的異質性研究可達單顆細胞層級。可探索每顆細胞基因中隱藏的故事,例如整倍體的基因變異。DEPArray™ 技術可依細胞表型分選,以及運用不同參數組合與影像系統的雙重確認,可確保分選出純度 100% 的標的細胞,採用高純度細胞故可觀察出等位基因表現。

Ampli1 WGA Kit
單顆細胞全基因組擴增套組

單顆細胞中使全基因組擴增優化,單一引子進行 PCR,確保相間比例擴增 DNA 片段,平均且完整擴增 DNA 片段,擴增長度 0.2~2K bp 適用任何種類的細胞,單管操作,無需沉澱 DNA,滅少損失,過程快速,手動操作時間 1.5 小時,單顆細胞最多可獲得 4ug DNA 適用於後續的基因分析應用,包括全基因組定序。