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以培養的細胞進行研究時,容易取得新鮮樣品,因此能於細胞完整度與DNA品質處於良好的狀態進行WGA。

然而當處理臨床樣品時,因於樣品收集、運送、儲存條件與時間狀況不一,為維持細胞完整性,往往會將細胞固定,此步驟卻會導致DNA cross-linking與片段化,不同WGA原理受到此狀況影響的程度不一,其中以MDA技術擴增基因需要良好品質的DNA模板,否則將嚴重干擾genome的擴增產量與均勻度。

基於PCR-based的Ampli1 WGA,其受到DNA cross-linking與片段化狀況的影響最為輕微,因此當需以固定細胞進行WGA時,例如臨床病患血液中的CTCs或病理檢體FFPE等,皆可應用Ampli1 WGA kit獲得足夠的優質擴增產物進行後續分子分析

Different WGA methods

新鮮 (unfixed)/固定 (fixed)/固定打洞 ( Fix/perm)三類細胞樣本以不同WGA方法處理後,於aCGH分析的表現比較(4- Normand et al, Prenat Diagn. 2016)
Derivative Log Ratio (DLR)越低,代表雜訊越低,分析時的解析度越佳。新鮮及固定細胞兩種樣本中,Ampli1 WGA kit與其他擴增方式相比,可以得到最佳CNV分析解析度。

FFPE sample isolated WGA 01
FFPE sample isolated WGA 02
FFPE sample isolated WGA 03
FFPE sample isolated WGA 04
FFPE sample isolated WGA 05

肺癌FFPE樣品,以DEPArray分離出的單細胞經Ampli1 WGA kit接續CNVs,分析結果真實反應樣本細胞的染色體套數變化情況,可用來比對細胞異質性

為了獲得良好定序結果,建議WGA擴增基因前,先使用DEPArray FFPE QC試劑盒確認DNA的完整性 此次實驗獲得的QC分數為0.7

DEPArray NxT side 300x300 1
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DEPArray NxT
單細胞分離篩選系統

隨著 DEPArray™ 技術的發展,基因的異質性研究可達單顆細胞層級。可探索每顆細胞基因中隱藏的故事,例如整倍體的基因變異。DEPArray™ 技術可依細胞表型分選,以及運用不同參數組合與影像系統的雙重確認,可確保分選出純度 100% 的標的細胞,採用高純度細胞故可觀察出等位基因表現。

Ampli1 WGA Kit 450 1
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Ampli1 WGA Kit
單顆細胞全基因組擴增套組

單顆細胞中使全基因組擴增優化,單一引子進行 PCR,確保相間比例擴增 DNA 片段,平均且完整擴增 DNA 片段,擴增長度 0.2~2K bp 適用任何種類的細胞,單管操作,無需沉澱 DNA,滅少損失,過程快速,手動操作時間 1.5 小時,單顆細胞最多可獲得 4ug DNA 適用於後續的基因分析應用,包括全基因組定序。