以培養的細胞進行研究時,容易取得新鮮樣品,因此能於細胞完整度與DNA品質處於良好的狀態進行WGA。

然而當處理臨床樣品時,因於樣品收集、運送、儲存條件與時間狀況不一,為維持細胞完整性,往往會將細胞固定,此步驟卻會導致DNA cross-linking與片段化,不同WGA原理受到此狀況影響的程度不一,其中以MDA技術擴增基因需要良好品質的DNA模板,否則將嚴重干擾genome的擴增產量與均勻度。

基於PCR-based的Ampli1 WGA,其受到DNA cross-linking與片段化狀況的影響最為輕微,因此當需以固定細胞進行WGA時,例如臨床病患血液中的CTCs或病理檢體FFPE等,皆可應用Ampli1 WGA kit獲得足夠的優質擴增產物進行後續分子分析

新鮮 (unfixed)/固定 (fixed)/固定打洞 ( Fix/perm)三類細胞樣本以不同WGA方法處理後,於aCGH分析的表現比較(4- Normand et al, Prenat Diagn. 2016)
Derivative Log Ratio (DLR)越低,代表雜訊越低,分析時的解析度越佳。新鮮及固定細胞兩種樣本中,Ampli1 WGA kit與其他擴增方式相比,可以得到最佳CNV分析解析度。

肺癌FFPE樣品,以DEPArray分離出的單細胞經Ampli1 WGA kit接續CNVs,分析結果真實反應樣本細胞的染色體套數變化情況,可用來比對細胞異質性

為了獲得良好定序結果,建議WGA擴增基因前,先使用DEPArray FFPE QC試劑盒確認DNA的完整性 此次實驗獲得的QC分數為0.7

DEPArray NxT
單細胞分離篩選系統

隨著 DEPArray™ 技術的發展,基因的異質性研究可達單顆細胞層級。可探索每顆細胞基因中隱藏的故事,例如整倍體的基因變異。DEPArray™ 技術可依細胞表型分選,以及運用不同參數組合與影像系統的雙重確認,可確保分選出純度 100% 的標的細胞,採用高純度細胞故可觀察出等位基因表現。

Ampli1 WGA Kit
單顆細胞全基因組擴增套組

單顆細胞中使全基因組擴增優化,單一引子進行 PCR,確保相間比例擴增 DNA 片段,平均且完整擴增 DNA 片段,擴增長度 0.2~2K bp 適用任何種類的細胞,單管操作,無需沉澱 DNA,滅少損失,過程快速,手動操作時間 1.5 小時,單顆細胞最多可獲得 4ug DNA 適用於後續的基因分析應用,包括全基因組定序。