4. 樣品是新鮮或是固定過後的細胞，影響 DNA 模板完整性 – 漫談單細胞全基因組定序分析

以培養的細胞進行研究時，容易取得新鮮樣品，因此能於細胞完整度與DNA品質處於良好的狀態進行WGA。

然而當處理臨床樣品時，因於樣品收集、運送、儲存條件與時間狀況不一，為維持細胞完整性，往往會將細胞固定，此步驟卻會導致DNA cross-linking與片段化，不同WGA原理受到此狀況影響的程度不一，其中以MDA技術擴增基因需要良好品質的DNA模板，否則將嚴重干擾genome的擴增產量與均勻度。

基於PCR-based的Ampli1^™ WGA，其受到DNA cross-linking與片段化狀況的影響最為輕微，因此當需以固定細胞進行WGA時，例如臨床病患血液中的CTCs或病理檢體FFPE等，皆可應用Ampli1^™ WGA kit獲得足夠的優質擴增產物進行後續分子分析。

新鮮 (unfixed)/固定 (fixed)/固定打洞 ( Fix/perm)三類細胞樣本以不同WGA方法處理後，於aCGH分析的表現比較(4- Normand et al, Prenat Diagn. 2016)
Derivative Log Ratio (DLR)越低，代表雜訊越低，分析時的解析度越佳。新鮮及固定細胞兩種樣本中，Ampli1^™ WGA kit與其他擴增方式相比，可以得到最佳CNV分析解析度。

肺癌FFPE樣品，以DEPArray分離出的單細胞經Ampli1^™ WGA kit接續CNVs，分析結果真實反應樣本細胞的染色體套數變化情況，可用來比對細胞異質性。

為了獲得良好定序結果，建議WGA擴增基因前，先使用DEPArray^™ FFPE QC試劑盒確認DNA的完整性 此次實驗獲得的QC分數為0.7。