3. 雙倍體基因體學，ADO 影響分析結果 – 漫談單細胞全基因組定序分析

WGA 產物可進行多樣化的分子分析，依據分析方式需求的基因體倍數，大致分成兩部份

第一部分：單倍體基因體學

• Single nucleotide polymorphisms (SNPs)
• Copy Number Variation (CNVs)

第二部分：雙倍體基因體學

• Homozygous SNPs and insertions/deletions (INDELs)
• Heterozygous SNPs and INDELs
• Copy Number Variation (CNVs)
• Loss of heterozygosity (LOH)

於單倍體基因體學，唯一可能導致分析錯誤的來源為 WGA 的 DNA 聚合酶保真度與擴增產物的代表性。

於雙倍體基因體學，除偵測各股 DNA 本身外，還需與另一股 DNA 對照，因此挑選的 WGA 方法除了需具備高保真度 DNA 聚合酶、擴增產物代表性外，還需能確實依比例平均放大 alleles。

為了於單顆雙倍體細胞，例如人類細胞，所做的基因體分析正確性，需要確保所選擇的 WGA 方法對於一對 alleles 中的某個無偏好性，否則擴增產物將無法正確反應細胞真實的 alleles 情況。

若 alleles 受到不平均放大，將會導致 Allelic dropout (ADO) 產生，因 ADO 會導致 alleles 層級的定序錯誤，因此 ADO 對定序結果正確度的影響遠大於 DNA 聚合酶保真度。

相比起其他 WGA 方法，Ampli1 WGA kit 為優化其處理單顆細胞的能力，使用對人類細胞特別設計的限制酶處理 genome，配上高校對能力聚合酶 (error rate <10 -5) 與高重複性、控制性放大過程，使單顆細胞的 WGA 產物 ADO rate 降至最低。

從歷年多篇論文比較可看出，相較於其他 WGA 方法，Ampli1™ WGA Kit 於 ADO 部份具有最佳表現。