漫談單細胞全基因組定序分析系列文章-選擇適合WGA分析方法
前言: 踏出單顆細胞基因組分析的第一步
1. 哪一種WGA方法適用您的單細胞基因研究呢?
2. 擴增前樣品是單顆細胞,還是微量純化過的DNA?
3. 雙倍體基因體學,ADO影響分析結果
4. 樣品是新鮮或是固定過後的細胞,影響DNA模板完整性
5. 持續優化的單顆細胞基因組分析流程
因單顆細胞 DNA 約只有 6 pg,即使只以 0.1~1ng DNA 進行 WGA,相當於 16-166 顆細胞,因此起始樣本中具有多個相同 DNA 分子,當某個單一 DNA 分子於 WGA 過程中產生複製偏差時,其他細胞提供的相同 DNA 分子將會稀釋或代償此偏差,因此伴隨著樣本中具相同基因分子越多時,最終擴增產物越能準確反應原始樣本狀況,WGA 產生的複製偏差將被忽略。
然而以單顆細胞進行 WGA 時,樣本中將只有一對等位基因分子 (alleles) ,因無其他細胞提供相同 DNA 分子,當複製偏差產生時,將不會發生上述的代償現象,造成 allelic dropout (ADO),最終導致錯誤分子分析結果,因此於單顆細胞基因組分析時,WGA 是否具有完整且平均擴增基因組與 alleles 的能力至關重要。
Ampli1™ WGA kit 藉由優化過的非隨機片段化過程及控溫 PCR 擴增過程,確保相同 locus 與 alleles 的代表片段永遠為相同尺寸與鹼基組成,藉此使得細胞間的 locus 及單顆細胞的 alleles 皆能受相同靈敏度的完整同步擴增,讓單顆細胞 Ampli1 WGA 產物的基因突變與染色體套數變化分析結果能被信賴。
Ampli1™ WGA kit 可同步平均放大 alleles,降低 allelic dropout (ADO) 產生,提供可信賴的分子分析結果。